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沪港通交易费用不都是统一的，沪港通的交易费用包括交易及结算费用、证券组合费用、以及交易佣金费用沪股通。
交易税费是交联交所或由联交所代收沪股通，包含：
WWW.FhzxW。cN1、印花税：双边收取，按成交金额的0.1%计收（取整到元，不足1元港币按1元计）；2、交易征费：双边收取，按成交金额的0.0027%计收，四舍五入至小数点后两位；3、交易费：双边0.005%（四舍五入至小数点后两位）；4、交易系统使用费：双边，每笔交易0.5元港币沪股通。
结算收费交香港结算沪股通，包含：
结算及交收服务：股份交收费沪股通，双边，按成交金额的0.002%计收，每边最低及最高收费分别为2元港币及100元港币（四舍五入至小数点后两位）；证券组合费用收取标准：
持有市值小于或等于港币 500亿元，按0.008%的年费率收取沪股通。
2、持有市值大于港币500亿元，小于或等于2500亿元，按0.007%的年费率收取沪股通。
3、持有市值大于港币2500亿元，小于或等于5000亿元，按0.006%的年费率收取沪股通。
WWW.FhzxW。cN4、持有市值大于港币5000亿元，小于或等于7500亿元，按0.005%的年费率收取沪股通。
5、持有市值大于港币7500亿元，小于或等于10000亿元，按0.004%的年费率收取沪股通。
6、持有市值大于港币10000亿元，按0.003%的年费率收取沪股通。
港股通交易佣金不高于成交金额的3.0‰，不同的证券公司，其收费不一样沪股通。
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